Im Rahmen einer Festakademie zum 10. Jubiläum der Erhebung zur Hochschule am 22. November 2011 hat der Großkanzler des Hauses, Bischof Gerhard Ludwig Müller, die Leitung der Hochschule für katholische Kirchenmusik und Musikpädagogik dem neuen Rektor Professor Stefan Baier übertragen. Der Bischof sowie der Vorgänger im Rektorenamt, Professor Franz Josef Stoiber, wünschten dem neuen Rektor alles Gute. Stoiber hatte die Hochschule acht Jahre geleitet. In seine Amtszeit fiel die aufwändige Generalsanierung des Hauses sowie die Umstellung des Studienbetriebs auf das Bachelor-/Master-System. Bischof Gerhard Ludwig und der Vorsitzende des Stiftungsrats der Hochschule, Prälat Robert Hüttner, dankten Stoiber für dessen große Verdienste in dieser nicht immer einfachen Zeit.

Im Juli 2011 hatte der Senat der Hochschule Stefan Baier zum neuen Rektor gewählt. Amtsvorgänger Stoiber hatte nicht mehr für das Rektorenamt kandidiert, um künftig wieder mehr Zeit für eigene musikalische Aktivitäten zu haben. Baier bedankte sich für das ihm entgegengebrachte Vertrauen aller Gremien und Verantwortlichen, und bei seinem Vorgänger für die freundschaftliche Hilfe bei der Übernahme der großen Herausforderung der Leitung des Hauses.